Las presuntas irregularidades encontradas en los contratos que Emcali firmó para modernizar la PTAR Cañaveralejo, según investigación de la Contraloría General de la República, no es lo único que preocupa en este proceso. Tras esta situación hay unas consecuencias ambientales que impactan el río Cauca por el vertimiento de las aguas residuales sin el tratamiento adecuado.