En 2008 ambas instituciones firmaron el Convenio 009 con el que se le entregaba a la institución educativa 200 cuerpos del Cementerio Universal para actividades académicas. Sin embargo, la Alcaldía entregó cuerpos no identificados, prohibidos por la normativa y sin autorización de la Fiscalía, y la Universidad los recibió en su Laboratorio de Osteología y devolvió otros en mal estado. A este caso la JEP le puso la lupa.